本處設單位預算科、科發基金科、主管預算科三個科，本處有新竹科學園區管理局主計室、中部科學園區管理局主計室、南部科學園區管理局主計室三個二級主計機構，以及國立新竹科學園區實驗高級中等學校主計室、國立中科實驗高級中學主計室、國立南科國際實驗高級中學主計室三個三級主計機構。
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主計處
Department of Budget, Accounting and Statistics
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