民國81年3月國科會與澳大利亞科學院(Australian Academy of Science, AAS)與澳大利亞技術科學及工程學院( Australian Academy of Technological Sciences and Engineering, ATSE)簽署三方科學合作協定，強化基礎及應用科技人員的交流訪問，後於93年以換文方式續約。
89年9月駐澳大利亞代表處與澳大利亞商工辦事處簽署科學合作瞭解備忘錄，我方執行單位為國科會，澳方執行單位為產業、科學及資源部(Department of Industry Science and Resources, ISR)。
後於101年6月由駐澳大利亞代表處與澳洲駐臺辦事處重簽，我方執行單位為國科會，澳方執行單位為產業、創新、科學、研究及高教部(Department of Industry, Innovation, Science, Research and Tertiary Education, DIISRTE)。
