| 單位 | 業務執掌 | 聯絡電話 |
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| 施政規劃科 | 科技發展計畫、公共建設計畫、社會發展計畫之概算彙辦及審查 | (02)2737-7056 |
| 施政計畫之規劃、擬訂 | (02)2737-7984 | |
| 施政管考科 | 本會個案計畫之管制、考核及評估 | (02)2737-7854 |
| 補助大專校院研究獎勵業務、補助全國性學術團體辦理學術推廣業務、內部控制專案、內控制度之自行評估及稽核 | (02)2737-7567 | |
| 監督科技財團法人事務、人民陳情案件之管理 | (02)2737-7903 | |
| 科技安全等專案性業務事項彙辦 | (02)2737-7854 | |
| 2030跨世代年輕學者方案、愛因斯坦培植計畫＆哥倫布計畫 | (02)2737-7845 | |
| 專題計畫科 | 專題研究計畫規定及行政業務 | (02)2737-7440 |
| 大專學生研究計畫相關業務及研究創作獎 | (02)2737-7847 | |
| 研究發展科 | 總統科學獎、傑出研究獎、吳大猷先生紀念獎 | (02)2737-7570 |
| 行政院傑出科技貢獻獎 | (02)2737-7570 | |
| 納入受補助單位申請案 | (02)2737-7569 | |
| 國科會性別平等業務；鼓勵女性從事科學及技術研究專案計畫 | (02)2737-7476 |
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