斯克里普斯海洋研究所(Scripps Institution of Oceanography, 簡稱SIO)成立於1963年，位於加州聖地牙哥地區(San Diego, California)，是一所舉世聞名、歷史悠久的綜合性海洋科學研究機構，是目前世界上規模最大的海洋研究所。研究所下設海洋地質、海洋生物和大洋 3個研究部，海洋物理、能見度和生理研究 3個實驗室，還有海岸研究中心、海洋生命研究組，以及供博士學位教學用的研究生院。 擁有5艘海洋學研究船、2個研究平台、多用途的岸上和船上電腦系統及海洋專業圖書館、「深海鑽探計畫」岩心總庫，以及供免費參觀的水族館等。
SIO自1912年成為加州大學(University of California)的一部分，此後逐漸擴展研究領域，從海洋、陸地到物理、化學、生物、地質，以及地球氣候領域。該所研究課題涉及海-氣相互作用、深海錳結核的形成及其開採、海岸侵蝕、污染對海洋生態系的影響，以及包括板塊構造和海底擴張在內的大洋地質演化史等 200多項。 近年來還增加了氣候預報、二氧化碳問題和空間海洋學的研究。 建所以來，研究船隊總航程近 400萬海里，培養出許多著名海洋學家，主持和參加深海鑽探計畫，提出了有劃時代意義的波浪預報方式、發現了赤道潛流，在海洋科學各方面的研究中取得了很多成果。 出版物有《斯克里普斯海洋研究所通報》、《斯克里普斯論文彙編》等。
瑪格莉特‧蕾南(Margaret Leinen)博士自2013年擔任所長，同時也是聖地牙哥加州大學海洋科學領域的副校長，以及海洋科學研究所的系主任。
SIO目前發行海洋與陸地科學的電子雜誌” explorations now”，目前全球訂閱者已達28,000名。

SIO也非常重視國際海洋科學合作，科技部部長楊弘敦曾於2014年，以國立中山大學校長身份率團訪問SIO，雙方在海洋科學領域有密切交流。
使命
為有助於社會及整體環境，SIO積極尋找、教導、溝通有關於海洋、大氣、陸地，以及其他星球的科學知識。

歷史
SIO的前身是聖地牙哥海洋生物協會(Marine Biological Association of San Diego)，是由一位業餘軟體動物學家佛瑞‧德貝克(Fred Baker)與兩名同事，共同成立的一個獨立生物研究實驗室，於1903年由聖地牙哥商會(San Diego Chamber of Commerce)下屬委員會提議成立。貝克招募了加州大學的動物學博士威廉‧里特(William Emerson Ritter)來領導這個海洋生物研究所，並向當地的慈善家斯克里普斯(E. W. Scripps)與他的妹妹愛蓮(Ellen Browning Scripps)募集研究所所需的研究經費。
由於斯克里普斯兄妹全額贊助研究所前十年所有的研究經費，研究所才得以在位於聖地牙哥海灣(San Diego Bay)的科羅納多飯店(Hotel del Coronado)船屋中，開始其研究工作。直到1905年，研究所遷入拉荷亞海灣(La Jolla Cove)，並在1907年移入現址。1912年，研究所成為加州大學轄下的研究機構，並重新命名為「斯克里普斯生物研究所」(Scripps Institution for Biological Research)。直到1925年10月，研究所再度更名為「斯克里普斯海洋研究所」(Scripps Institution of Oceanography, 簡稱SIO)。
1960年代，在SIO的主管羅傑‧雷維爾(Roger Revelle)的主導下，SIO成為設立聖地牙哥加州大學 (University of California, San Diego, UCSD)的核心。而由歐文‧吉爾(Irving Gill)所設計的SIO舊大樓，也在1982年被宣布成為美國國家歷史地標。目前SIO的主建築是由巴頓‧邁爾(Barton Myers)所設計的。

研究計畫
SIO的研究項目包含生物、物理、化學、地質，以及海洋與陸地的地理研究。SIO也研究海洋所引起的氣候與陸地環境議題。
作為研究機構，SIO也提供學士與碩士學位，目前SIO大概有1,300名職員，其中包括100名教授、300名科學家，以及約240名研究生，每年預算超過1.8億美金。
SIO也管理了四個海洋研究船隊，並擁有研究用浮動儀器平台(Floating Instrument Platform, R/P FLIP)。

SIO的第五艘船，以聖地牙哥加州大學教授、已故太空人所命名的R/V Sally Ride，計畫於今（2016）年開始航行。
SIO的綜合研究主題，涵蓋以下的主題：
• 生物多樣性及保育
• 加州的環境
• 地球和行星化學
• 地球的空間和時間研究 (Earth Through Space and Time)
• 能源和環境(Energy and the Environment)
• 環境和人類健康(Environment and Human Health)
• 全球變遷(Global Change)
• 全球環境監測(Global Environmental Monitoring)
• 災害(Hazards)
• 冰和氣候(Ice and Climate)
• 儀器創新(Instruments and Innovation)
• 介面(Interfaces)
• 海洋生物(Marine Life)
• 模型、理論，與演算(Modeling, Theory, and Computing)
• 海中的聲音與光線(Sound and Light in the Sea)
• 海浪與洋流(Waves and Circulation)

組織結構
SIO可劃分成三個研究部門，每一個部門轄下都有自己的研究室，包括︰
「生物」部門
• 生物科技與醫藥中心(Center for Marine Biotechnology & Biomedicine, CMBB)
• 綜合海洋學研究室(Integrative Oceanography Division, IOD)
• 海洋生物研究室(Marine Biology Research Division, MBRD)
「地球」部門
• 地理與行星物理研究室(Cecil H. and Ida M. Green Institute of Geophysics and Planetary Physics, IGPP)
• 地球科學研究室(Geosciences Research Division, GRD)

「海洋與大氣」部門
• 氣候、大氣科學與海洋物理研究室(Climate, Atmospheric Science & Physical Oceanography, CASPO)
• 海洋物理實驗室(Marine Physical Laboratory, MPL)

研究船
SIO研究室目前擁有以下的研究船與研究平台：
• R/P FLIP
• R/V Roger Revelle
• R/V Robert Gordon Sproul
• R/V Sally Ride (Operational 2016)

之前所擁有的大型船隻 (15公尺以上) ，包括
• 1906–???? - R/V Loma
• 1907–1917 - R/V Alexander Agassiz
• 1918–1918 - R/V Ellen Browning
• 1925–1936 - R/V Scripps
• 1937–1955 - R/V E. W. Scripps
• 1955–1965 - R/V Stranger (Operated as USS Jasper from 1941 to 1947 for the UC Division of War Research)
• 1947–1956 - R/V Crest
• 1947–1969 - R/V Horizon
• 1948–1965 - R/V Paolina-T
• 1951–1965 - R/V Spencer F.Baird
• 1955–1969 - T-441
• 1956–1962 - R/V Orca
• 1959–1963 - R/V Hugh M. Smith
• 1959–1970 - R/V Argo (Official Navy name was Snatch)
• 1962–1976 - R/V Alexander Agassiz
• 1962–present - R/P FLIP
• 1962–1974 - R/V Oconostota (The Oconostota was known as "The Rolling O" because of its unpleasant motion.)
• 1965–1980 - R/V Alpha Helix (Transferred to University of Alaska, Fairbanks in 1980 (UAF sold vessel in 2007 to Stabbert Maritime)
• 1965–???? - R/V Ellen B. Scripps
• 1966–1992 - R/V Thomas Washington (Transferred to Chile and renamed Vidal Gormaz in 1992 (still operating in 2010)
• 1969–2014 - R/V Melville (AGOR-14)
• 1973–???? - R/V Gianna
• 1978–2015 - R/V New Horizon
• 1984–present - R/V Robert Gordon Sproul
• 1995–present - R/V Roger Revelle

SIO的樺樹(Birch)水族館
樺樹(Birch)水族館作為大眾進行科學探索的地點，設有魚廳，其中有超過六十個水族箱，展示從寒帶的西北太平洋，到熱帶的墨西哥與印度洋無脊椎動物，以及太平洋海域的魚類。一個一萬三千加侖的水族箱中，展示著本地鯊魚與輻鰭魚。水族館中並設有互動潮間帶與互動科學展覽。

SIO與流行文化
2014年，SIO與大氣中的二氧化碳基林曲線量測(Keeling Curve measurement)在HBO有線電視網頻道的新聞中成為焦點。2008年，SIO在電視遊戲節目危險邊緣(Jeopardy)中出現過。此外，SIO也出現在一些科幻故事中。