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自然科學及永續研究發展處設有處長、副處長,其下設有數學、化學與物理科(第一科)、基礎研究核心設施、大氣、地科、空間與海洋科(第二科)及永續防災科(第三科)等3個科。
數學、化學與物理科負責純數、應數、有機、無機、物化及分析、統計、一般物理、凝態物理及奈米科技等學門領域,並設有國家理論科學研究中心。
基礎研究核心設施、大氣、地科、空間與海洋科負責大氣、地質、地物、空間與海洋等學門領域及基礎研究核心設施等,並設有儀器服務平台。
永續防災科負責防災、永續及新興等學門領域。