1.政府科技發展計畫審議
依國家科學及技術委員會組織法第2條第2款，本會職掌「國家科學發展、技術研究與應用計畫之綜合規劃、協調、審議、資源分配及管理考核」。本會辦理政府科技發展計畫審議作業時，在規劃過程均邀集主要部會署召開會議、收集意見，作業程序定案公告後，請各申請機關研提中程個案計畫書或年度綱要計畫書送本會審查。
審查作業由本會邀請官、產、學、研界之學者專家協助，分為書面審查及會議審查，就各計畫過去執行成效、未來工作內容說明之良窳，進行評估，並提出執行及經費建議。審查結果由本會彙編完成後，由本會陳報行政院核定，再由各主管機關編列於預算書中送立法院審查。本會亦將各計畫之審查意見彙編成審查報告，提供各主管機關修正與執行計畫之參考。
2.政府科技發展計畫管考
一、作業原則上分為行政院管制、主管部會管制及執行機關自行管制三類：
(一)行政院管制計畫：由本會與科技辦公室負責執行管考與查證作業，管考周期為每月提報，依循往例，凡執行進度與成效落後超過百分之一者或審查專家要求現場查證之計畫，由本會組成查證專家小組赴執行機關實地查證，年度結束時，本會辦理績效評估審查作業，作業方式由本會協同審查委員、科技辦公室共同組成查證小組前往執行單位查證，藉由專家審查建議，提升計畫執行成效、成果，並提報行政院辦理計畫績效獎懲作業。
(二)主管部會管制及執行機關自行管制計畫：各主管部會及執行機關除配合本會政府科技計畫資訊網(GSTP)定期填報執行進度外，亦需於年度結束時，上傳年度綱要計畫績效評估報告後，送本會辦理複評作業，評估結果將提供作為年度綱要計畫審議之參考。
二、中央政府科技研發績效
因應立法院與監察院要求，本會之前身國科會辦理中央政府各部門科技成果績效彙編，內容包括各部會署科技預算之執行成效，經費運用分配、人力配置、重要成果產出等，並說明年度亮點成果及效益。
