厚生勞働省(MHLW)【厚生労働省】(Ministry of Health, Labor and Welfare)

推動社會福祉、維護公眾衛生、建立良好的就業環境、保障國民生活和培育人才等社會保障綜合性工作。

國立公共衛生研究所(NIPH)【国立保健医療科学院】(National Institute of Public Health)

從事於醫療、福祉等公共衛生相關領域之研究和人員教育訓練。

國立傳染病研究所（NIID）【国立感染症研究所】(National Institute of Infectious Diseases)

推動防治傳染病症等相關技術之綜合研究，負責研究調查、防治監控傳染病、國際合作等業務。

<独立行政法人>

國立健康營養研究所(HIHN)【国立健康・栄養研究所】(National Institute of Health and Nutrition)

從事於營養與健康等相關研究調查。

生物醫學創新研究所(NIBIO)【医薬基盤研究所】(National Institute of Biomedical Innovation)

負責醫藥品和醫療機器等相關技術之研發，致力於提升醫藥品和醫療機器之技術水準。

醫藥品醫療機器綜合機構(PMDA)【医薬品医療機器総合機構】(Pharmaceutical and Medical Devices Agency）

負責醫藥品健康受害者的救濟、審核醫藥品和醫療機器的安全性等相關工作。

國立醫院機構(NHO)【国立病院機構】(National Hospital Organization)

提供醫療服務，負責醫療相關研究調查和醫療技術人員之研修等業務，推動國家醫療政策的機構，擔負提升國家醫療水準的任務。

國立癌症研究中心(NCC)【国立がん研究センター】(National Cancer Center)

日本防治癌症的核心機構，從事於癌症和惡性腫瘤(malignant neoplasm)的診斷、醫療、研究調查、技術研發、臨床實驗和培育人才，並提供相關資訊和政策性建議。

國立循環系疾病研究中心(NCVC)【国立循環器病研究センター】(National Cerebral and Cardiovascular Center)

從事於心血管等循環系統疾病之預防、治療和研究。

國立精神神經醫療研究中心（NCNP）【国立精神・神経医療研究センター】(National Center of Neurology and Psychiatry)

從事於研究精神性疾病和神經性疾病等相關疾病之治療技術。

國立國際衛生醫療研究中心（NCGM）【国立国際医療研究センター】 (National Center for Global Health and Medicine)

擁有高科技、專門性之國家醫療研究中心，秉持著維護人權尊嚴的理念，推動醫學教育研究和國際合作等領域之發展。

國立兒童健康發育醫療研究中心(NCCHD)【国立成育医療研究センター】 (National Center for Child Health and Development）

結合醫療服務和醫學研究於一體的醫療研究機構，從事生殖週期(Reproduction cycle)性疾病的醫療服務和研究，目的在於推動醫療服務和醫療相關研究，培育身心健全的兒童。

國立長壽醫療研究中心(NCGG)【国立長寿医療研究センター】 (National Center for Geriatrics and Gerontrogy)

結合醫療服務和醫學研究的機構，目的在於為促進高齡者的獨立自主，建立健康長壽的社會。

福祉醫療機構 (WAM) 【福祉医療機構】(Welfare and Medical Service Agency)

為推廣普及醫療技術增進社會福祉和提升醫療水準。