環境省( MOE）  (Ministry of the Environment)

負責防止公害、保護自然生態環境和環境復育以及原子力安全等環保相關事業。

全球環境推廣中心（GEOC)【地球環境パートナーシッププラザ】Global Environmental Outreach Centre

為增進非營利組織(NPO)、企業和行政單位等多元化團體在環保活動上之合作關係所設置之組織。

生物多樣性中心【生物多様性センター】Biodiversity Center of Japan

為推動日本生物多樣性之國家政策而設置的機構

原子力管制委員會(NRA)【原子力規制委員会】 (Nuclear Regulation Authority)

負責原子力之安全管制和確保原子力的應用安全。

<独立行政法人>

國立環境研究所(NSES)【国立環境研究所】　（National Institute for Environmental Studies）

致力於解決各種環境問題之研究機關。

環境復育保護機構(ERCA)【環境再生保全機構】 Environmental Restoration and Conservation Agency

環境保護政策之實施機關，負責公害健康受害的賠償、公害健康受害的預防、民間環保活動的支援、PCB廢棄物的處理、廢棄物最終處分場的維修管理暨公積金管理、石綿健康受害的救濟、研究調查等與環境相關業務。

日本原子力安全機構(JNES)【原子力安全基盤機構】Japan Nuclear Energy Safety Organization

維護原子力設施設備的安全性之實施機關，負責原子力設施設備安全性之分析評估、防災措施、研究調查和試驗，收集相關資訊加以彙整後並對外公開等原子力安全維護專門性業務。