科學園區
<科學城>
筑波科學城【筑波研究学園都市】 (Tsukuba Science City)
由「研究學園地區」和「周邊開發地區」所構成的科技研究城，占地面積幾乎與整個筑波市的地理面積相當。目前，有多達300家的研究機關和企業進駐，研究者多達2萬名以上。
推動筑波科學城之城市營造組織。
北九州科學研究城 (KSRP) 【北九州学術研究都市】 (Kitakyushu Science and Research Park)
目前於園區內有日本四所國公私立大學的理工學院、研究機關和企業的研究部門，為發揮群聚效應創造新產業、推動高科技的發展和成為亞洲學術研究的核心等目的而設置之。
→公益財團法人北九州產業學術推進構機(FAIS)【北九州産業学術推進機構】Kitakyushu Foundation for the Advancement of Industry Science and Technology)
在產學官合作的體制下，推動北九州地區的研發活動和促進學術研究的發展。
→關西科學城【関西文化学術研究都市(京阪奈学研都市)】(Kansai Science City， Keihanna Science City)
涵蓋範圍有京都府、大阪市和奈良縣等三個行政區，由產學官界合作推動城市營造所建設成的一座綜合文化科技學術研究的學園城─暱稱為京阪奈學研都市。
→財團法人關西文化學術研究城推進構機【関西文化学術研究都市推進機構】Public Foundation of Kansai Research Institute
從事於關西科學城之研究調查、推動新產業的發展等城市營造相關事業
<科學園區>
橫須賀電訊研究園區(YRP )【横須賀リサーチパーク 】 (Yokosuka Research Park)
電波通訊技術之專門性研究據點，座落於橫須賀市內的丘陵地，可眺望東京灣。
→YRP研究開發推進協會【YRP研究開発推進協会】YRP R&D Promotion Committee
負責橫須賀電訊研究園區內的研究開發相關事業之企劃，推動各項計畫案之實施。
神奈川科學園區(KSP）【かながわサイエンスパーク】Kanagawa Science Park (KSP)
都市型科學園區，集結有尖端科技企業和研究機關。
神奈川科學園區的核心組織，從事於培植園區內的創投公司等相關事業。
其他法人機構
公益財團法人日本科學協會【日本科学協会】 （The Japan Science Society ）
從事於獎助科學研究、公開研究成果和振興日本科學教育以及與各國進行學術交流增進國際間的相互理解等業務。
一般財團法人日本原子力產業協會（JAIF） 【日本原子力産業協会】 (Japan Atomic Industrial Forum Inc.)
由日本核能工業界所組成之產業組織。
公益財團法人科學技術國際交流中心（JISTEC）【科学技術国際交流センター】（ Japan International Science and Technology Exchange Center ）
推動科學技術領域之國內外交流活動、研究發展和獎助研究者等業務。
地方獨立行政法人神奈川科學技術學院（KISTEC）【神奈川県立産業技術総合研究所】Kanagawa Institute of Industrial Science and Technology
神奈川縣政府為了推動科學技術之振興和支援中小企業所設置的地方獨立行政法人。
重點專案計畫
文部科學省奈米科技綜合支援計畫中心【文部科学省ナノテクノロジー総合支援プロジェクトセンター】（Nanotechnology Researchers Network Center of Japan）
為全面推動奈米科技應用於各研究領域上，將基礎性研究成果提供給產學官界的研究者所成立之支援計畫。
世界頂尖國際研究中心倡議計畫(WPI)之研究中心 【世界トップレベル研究拠点プログラム（WPI）各拠点】(The World Premier International Research Center Initiative)
(一) 東北大學的原子分子材料前瞻科技研究所(AIMR) 【東北大学 材料科学高等研究所】(Advanced Institute for Materials Research)
材料科學之國際性研究所，致力於材料科學新體系之建立和開發尖端科技元件系統等研究活動。
(二) 東京大學的科維理數物連結宇宙研究機構( Kavli IPMU)【東京大学カブリ数物連携宇宙研究機構】(Kavli Institute for the Physics and Mathematics of the Universe)
探討宇宙形成之國際性研究所。
(三) 京都大學的物質細胞統合系統研究所(iCeMS)【京都大学物質－細胞統合システム拠点】(Institute for Integrated Cell-Material Sciences)
研究細胞的化學原理，研發可操控幹細胞等細胞功能之新化學物質和驅動細胞功能之細胞驅動劑（Cell-Inspired Materials）。
(四)大阪大學的免疫學先驅研究中心（IFReC） 【大阪大学免疫学フロンティア研究センター】(Immunology Frontier Research Center)
運用免疫學、分子影像技術和生物資訊 (bioinformatics）學等跨領域整合研究，將活體內(in vivo)之免疫作用可見化，或是應用預測技術探究出免疫系統的動態。
(五)物質材料研究機構 (NIMS) 的國際性奈米結構研究中心(MANA) 【物質・材料研究機構 国際ナノアーキテクトニクス研究拠点】(International Center for Materials Nanoarchitectonics)
致力於運用物質奈米結構之新技術體系推動革新性新材料之研究與開發。
(六)九州大學的國際碳中和暨能源研究所(I2CNER)【九州大学カーボンニュートラル・エネルギー国際研究所】(International Institute for Carbon-Neutral Energy Research)
致力於減少碳排放量，發展基礎性科學建構出「不使用化石燃料」之新能源體系，在與自然生態環境共存之下，促進社會永續發展之實現。
(七)筑波大學的綜合睡眠醫學國際研究所（IIIS）【筑波大学国際統合睡眠医科学研究機構】(International Institute for Integrative Sleep Medicine)
招聘在控制睡眠和覺醒相關神經科學領域上有卓越研究成果之國際頂尖研究者，研究睡眠中樞和覺醒中樞的調控原理，研發介入式調控睡眠之技術，建立治療診斷與睡眠障礙有極大關連的新陳代謝症候群和精神性疾病等疾病之新療法。
(八)東京工業大學的地球生命科學研究所（ELSI）【東京工業大学地球生命研究所】(Earth-Life Science Institute)
探究地球初始時期的生態環境，揭開地球生命起源之謎團。
(九) 名古屋大學的轉化型生物分子研究所（ITbM）【名古屋大学トランスフォーマティブ生命分子研究所】(Institute of Transformative Bio-Molecules Nagoya University)
合成化學、觸媒化學、系統生命學和動植物學等跨領域整合研究之研究所。
實驗設施
大型同步輻射光源中心SPring-8【大型放射光施設SPring-8】(The world’s large synchrotron radiation facility)
由加速器光源主體和周邊實驗設施所組合成之加速器群。
