內閣府（CAO）　(Cabinet Office, Government of Japan)

日本內閣總理大臣的幕僚機關，負責內閣重要政策之制定和相關行政事務。

• 科學技術政策【科学技術政策】   (Science and Technology Policy)

負責核定總合科學技術會議所擬定之科學技術相關綜合策略，致力於推行科技創新政策的發展。　

• 綜合科學技術・創新會議【総合科学技術．イノベーション会議 】  (Council for science, Technology and Innovation)

在內閣總理大臣和負責科學技術政策大臣的領導下，位階高於各部會機關，負責日本科技創新等科學技術政策之綜合計畫的擬定，和協調各部會機關的科技相關政策。

• 日本學術會議【日本学術会議】   （Science Council of Japan）

直接隸屬於內閣總理大臣的獨立機關，負責科學領域相關重要事項之審議和推行，以及增進科學研究界的連絡關係、提升研究效率。

<特殊法人>

• 科學技術研究大學琉球研究所(OIST)【沖縄科学技術大学院大学学園】 （Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University）

藉由教育和研究活動的實施，將目前已在世界各國發展出之卓越科學技術傳授給琉球地區的民眾，來促進琉球的自主性發展和提升全球的科學技術。主要從事神經科學、生物學(分子細胞發育)、數學運算科學、環境生態學以及物理化學等五大領域之研究。