文部科學省 (MEXT) 【文部科学省】 (Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology)
主管教育、科學技術、學術、文化以及體育(不包括殘障人士，殘障人士的體育由厚生勞働省管轄) 之振興工作和相關事務。
日本學士院【日本学士院】 (The Japan Academy)
為推崇在學術上有卓越成就的科學家所設置機關，負責學術發展相關重要事業之推行。
地震調查研究推動總部【地震調査研究推進本部】（Headquarters for Earthquake Research Promotion）
負責地震調查研究等相關業務，並將調查研究成果提供給關係機關，致力減輕地震災害。
科學技術‧學術政策研究所 (NISTEP)【科学技術‧学術政策研究所】 (National Institute of science and Technology Policy)
直接隸屬於文部科學省的國立研究機關，負責日本科學與技術之相關統計，及與外國相關統計之比較，藉以從事科技政策之研究。
<獨立行政法人>
國立科學博物館【国立科学博物館】 (National Museum of Nature and Science)
負責收集、保管包括自然史在內之自然科學相關資料，以及自然科學的應用等相關研究調查，並藉由公開展示相關資訊，達到振興自然科學之社會教育目的。
物質材料研究機構(NIMS)【物質・材料研究機構】 （National Institute for Materials Science）
從事低污染、節能和可替代稀有元素等環保新材料的研發之核心研究機關，運用最尖端科技(包括奈米技術等)進行物質特性的研究，促進再生能源的循環利用。
量子科學技術研究開發機構 (QST)【量子科学技術研究開発機構】(National Institute of Quantum Sciences and Technology)
日本唯一專門從事於研究輻射線對人體影響等輻射線相關醫學的綜合研究機關。
防災科學技術研究所（NIED）【防災科学技術研究所】 (National Research Institute for Earth Science and Disaster Prevention)
從事於災害防治相關科學技術之基礎性研究和基礎技術的研發，推動綜合相關業務來促進防災科技水準的向上提升。
日本學術振興會 (JSPS) 【日本学術振興会】 (Japan Society for the Promotion of Science)
獎助學術研究、提供研究資金、培育研究者、促進學術相關領域之國際交流以及推動學術應用發展等相關研究，來達到振興學術之目的。
科學技術振興機構(JST) 科学技術振興機構】(Japan Science and Technology Agency)
負責綜整科學技術相關資訊、發展新技術創造新產業、推動基礎性科學研究和根基技術之研發等相關綜合業務。
日本國內唯一的自然科學綜合研究所，從事物理學、化學、工程學、生物學和醫學等領域之應用發展與基礎性研究。
海洋研究開發機構(JAMSTEC)【海洋研究開発機構 】 (Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology)
負責推動學術研究、基礎性研發和合作交流等海洋相關綜合業務，致力於提升海洋科學技術的水準和促進學術發展。
日本原子力研究開發機構(JAEA)【原子力研究開発機構】(Japan Atomic Energy Agency)
從事於原子力相關技術的研發和相關課題之研究。
宇宙航空研究開發機構(JAXA)【宇宙航空研究開発機構】(Japan Aerospace Exploration Agency)
推動宇宙航空技術的基礎性研究和研發以及運用之機構。
<大學聯合利用機關法人【大学共同利用機関法人】>(Inter-University Research Institute Corporation)
日本獨特的聯合使用之研究機關，免費開放設備給全國各所大學共同利用，目前全日本有17所。
人間文化研究所【人間文化研究機構】(National Institutes for the Humanities)
與人類文明與世界文化相關領域之大學共同利用機關，共有六所研究機關。
→國立歷史民俗博物館【国立歴史民俗博物館】（National Museum of Japanese History）
→國文學研究資料館【国文学研究資料館 】（National Institute of Japanese Literature）
→國立國語研究所【国立国語研究所】 （National Institute for Japanese Language and Linguistics）
→國際日本文化研究中心【国際日本文化研究センター】（International Research Center for Japanese Studies）
→綜合地球環境學研究所【総合地球環境学研究所】(Research Institute for Humanity and Nature)
→國立民族博物館【国立民族学博物館 】 (National Museum of Ethnology, Japan)
自然科學研究機構(NINS)【自然科学研究機構】（National Institutes of Natural Sciences ）
推動自然科學領域的研究活動之大學共同利用機構，共有五所研究機關。
→國立天文台(NAOJ）【国立天文台】 (National Astronomical Observatory of Japan)
運用「理論和觀測」的方法研究天文學之研究機關。
→核融合科學研究所（NIFS）【核融合科学研究所】(National Institute for Fusion Science)
致力於推動核融合電液(Plasma)相關基礎性研究和教育活動。
→基礎生物學研究所(NIBB)【基礎生物学研究所】 (National Institute for Basic Biology）
推動細胞生物學、發育生物學、神經生物學、演化多樣性生物學、環境生物學、理論生物學和分子影像生物學等七大領域之研究活動，研究細胞分子層級的生物現象。
→ 生理學研究所(NIPS) 【生理学研究所】 (National Institute for Physiological Sciences）
日本唯一從事人體基礎生理學研究和教育的大學共同利用機構，探討人體生命活動和人腦構造等綜合研究，以培育出國際性研究者為終極目標
→ 分子科學研究所(IMS) 【分子科学研究所】 (Institute for Molecular Science)
建置有大學無法單獨購置之昂貴高速運算電腦和大型測定儀器，開放設備給日本全國大學利用發展分子科學，建立世界頂尖技術之分子科學研究。
高能源加速器研究機構(KEK)【高エネルギー加速器研究機構】(High Energy Accelerator Research Organization)
從事高能物理學、加速器科學以及構成物質之基本粒子結構等領域之綜合研究機關，有四所研究所和一座實驗設施。
→粒子原子核研究所(IPNS)【素粒子原子核研究所】 (Institute of Particle and Nuclear Studies）
研究構成物質的最小最基本的單位─粒子和原子核之構造，以建立理論和實地實験來探究粒子和原子核之作用與性質，進而解開宇宙形成之謎。
→物質結構科學研究所(IMSS)【物質構造科学研究所】 (Institute of Materials Structure Science）
運用加速器釋出之輻射線、質子，以及質子加速器所釋出的中子或微中子等粒子，綜合研究分析原子層級的物質結構和功能。
→加速器研究設施【加速器研究施設】 (Accelerator Laboratory)
負責高能源加速器研究機構所有的加速器之維修和光源性能之提升，亦致力於加速器學相關技術之研發和設計。
發展高度化技術支援運用大型加速器之研究計畫，從事環境保護、電腦運轉、低溫超導技術和精密加工等輻射線防護相關基礎性研究，以及相關領域之尖端科技研發。
→高功率質子加速器實驗設施(J-PARC)【大強度陽子加速器施設】 (Japan Proton Accelerator Research Complex)
為發展粒子物理學、原子核物理學、物質科學、生命科學和原子力科學等尖端科技之研究而建置之加速器實驗設施。
資訊系統研究機構(ROIS)【情報・システム研究機構】 (Research Organization of Information and Systems)
推動極地科學、資訊學、統計數理學、遺傳學等領域的綜合研究，設置有四座研究所。
→國立資訊學研究所(NII)【国立情報学研究所】(National Institute of Informatics)
推動資訊技術的研發和應用，包括網路、軟體、內容等資訊相關領域的新理論或新技術之研發。
→國立遺傳學研究所(NIC)【国立遺伝学研究所】(National Institute of Genetics)
生命科學領域的核心研究機關，推動生命體系之尖端科技研究。
→統計數理研究所(ISM )【統計数理研究所】 (The Institute of Statistical Mathematics)
從事於統計相關數理學之研究和應用。
→國立極地研究所(NIPR)【国立極地研究所】 (National Institute of Polar Research)
從事於南極北極以及周邊地區(極地地區)之綜合研究，包括觀測實驗等。
→研究交流中心【研究交流センター】（Tsukuba Center for Institutes）
座落於筑波科學城的中心地區，為了加強發揮筑波科學城集結研究單位或教育機關的群聚效應，所設置一的共用設施。
