臺美雙方長期共同合作之南海內波研究其成果－南海巨大內波的生命史：從生成、傳遞、變形、破碎、翻轉到消散，已刊登於國際頂尖學術期刊「自然(Nature)雜誌」(2015年5月7日號)上，該篇文章共有42位共同作者，分別來自臺美法韓四國，其中8位為我國學者。 南海巨大內波之所以特別，在其最大垂直振幅可使海水在數分鐘之內下沉170公尺以上、水溫驟變12°C以上，是迄今已知全球海洋中最強的海洋內波。此巨大內波會將深海的營養鹽帶到表層，有利於浮游藻類的光合作用，促進海洋基礎生產力，並且滋潤珊瑚礁區(如：南灣和東沙島)的生態。此外，一些深水海洋生物亦會被捲入其中而上浮，進而形成鯨豚群追逐內波索餌的現象；學者甚至認為某些巨大內波造成的海面溫度變化，會影響到南海颱風的增強或減弱。巨大內波所造成海水的劇烈變動，也會破壞海上鑽油平臺或是影響水下航行安全。 早自2000年，我國由臺灣大學海洋研究所主導的跨校研究團隊即與美方合作，開始進行南海內波的長期研究，迄今已逾15年，經費均來自科技部的補助。雙方投入的研究人力前後已達數百人、共出動雙方的研究船計87航次於南海進行海上探測。研究結果指出：當強大的潮流經過臺菲之間的呂宋海峽時，因海峽內有巴坦與恆春等兩座海脊，因而形成內潮波。這一向西傳遞的內潮波攜帶的總能量是一般開放海域的100倍，也是目前已知全球海洋中最大的內潮波，其在呂宋海峽產生平均3000萬瓩的內潮波功率，相當於我國2014年全年總發電裝置容量的四分之三。內潮波在南海海盆內波形會逐漸變陡，變成巨大內波，當其到達東沙臺地前，因水深變淺、波速變慢、波長變短、振幅變大，進而變形、破碎、翻轉後才消散，造成當地海洋生態特別的衝擊。研究南海巨大內波，除了科學方面的價值外，亦包括海洋生物資源管理與國防安全的應用，另亦可將其使用於海氣象數值模式預報，提昇預報品質。 藉由此次臺美雙方的合作，國內海洋相關研究單位與機構的教授、研究員、技術員、博碩士研究生、大學生等共計約150人次，参與美方的研究船航次，學習操作最新的海洋探測儀器，除培養我國海洋科技人才外，雙方並產出的科學論文不下數百篇。美國海洋學會更曾於2011年12月發行專刊，深入報導此一臺美雙方的海洋科學合作。 此外，雙方運用先進儀器所測得的寶貴資料，也大幅充實了科技部海洋學門資料庫，並且將其應用於海洋科學教育與國防。例如2014年12月由臺大出版社所出版的『臺灣區域海洋學』教科書，即大量引用該資料，精進海洋科學教材。
