有關媒體對「台灣光子源」預算被刪減之報導，科技部說明如下：
「台灣光子源同步加速器興建計畫」是行政院在96年通過建設的超大型研究基礎設施，在近幾年政府財政狀況不是很優渥，而科技部預算持平的情形下，仍然勉力支持，對於台灣光子源設施能站上世界舞台，科技部亦覺不負國人期望。
科技部本身近二年科技預算經費(扣除加速行動寬頻計畫70億經費)實質為減少2.6%，在科技預算有限的情況下，科技部對於台灣光子源之維運與第二階段實驗站建置經費並未減少。科技部前瞻及應用科技陳宗權司長表示，在新的光源啟用後，研究實驗站陸續搬到新的光子源上，舊的光源是否還有存續的效益，國家同步輻射研究中心應儘速檢討，針對既有光源的存廢，做出完整效益評估，並對新的光源之營運有所規劃，讓經費能真正花在刀口上。
為了讓同步輻射研究中心能永續經營，科技部除了在科技預算上支持之外，本於主管機關的立場，也持續督促該中心應該考量設施之可共用性與投資之必要性，開放更多研究者使用該設施，以提高對學術之影響性，提升台灣光子源的效益；而另一方面，也督促該中心應該將歷年來的研究成果、管理技術等橋接至產業應用，增加產業合作效益。此外，科技部一直協助國家同步輻射研究中心爭取國際合作共同投資實驗站的建置，也希望同步輻射中心能加強技術移轉等收入、多引進外部資源協助，善用國際間對同步輻射光源需求之機會，引進台灣光子源設施週邊設施之投資資金，以增加資源之使用效益。
近幾年政府財政困難，但仍然全力支持科學研究，科技部在過去的幾年中已投入70億多的經費在建造台灣光子源的工程上，如今政府花費巨資所建造完成的台灣光子源能登上國際頂尖期刊，是全民的光榮，科技部亦期待未來使用此台灣之光的研究學者，能善用這麼好的設施，做出好的研究，才能真正不負國人的期待。
