為加速推動綠能科技產業創新方案，行政院提出「綠能前瞻基礎建設」，編列特別預算243.2億元，其中「沙崙綠能科學城」編列162.2億元。本部負責建置其中的「綠能科技聯合研究中心」及「科學城低碳智慧環境基礎建置」，共編列特別預算56.65億元。以下就兩建設進行說明：
「綠能科技聯合研究中心」：建設期程為106～115年，總經費78.89億元，特別預算編列51億元。該研究中心將作為台灣產學研界在綠能技術研究領域的服務提供者，提供產學研界進行前瞻技術開發，培育綠能實作人才，提供前瞻綠能研發平台，引入學界及法人進駐，深耕綠能產業發展的關鍵及前瞻技術，鏈結業界需求；在能源科技創新方面，將以節能、儲能、創能與系統整合為主軸，推動先進能源技術研究及其應用之研發創新，著重前端綠色製程設備及後端之創新應用。
「科學城低碳智慧環境基礎建置」：建設期程為106～110年，總經費5.65億元，預計建置低碳智慧運輸系統、智慧生態園區、自駕車測試場域等相關建設，並逐步導入綠能相關基盤系統，以加速推動綠能科學城發展。
透過前述建設之推動，強化「綠能產業研究聚落」的特色，結合經濟部整體綠能方案，將大學研究機構、台糖公司、台南市政府的會展中心及商業區，吸引國內外大廠及法人團體進駐與合作，將沙崙綠能科學城打造為「綠能科技的示範場域」！
