一個偶然，揭開了長達15年南科考古工作的序幕，使現代科技與古老文明產生了交會，碰出了燦爛的火花。
民國八十一年一月，行政院為求區域之均衡發展，在所核定之「國家建設六年計畫」內列明新設第二科學工業園區。至八十二年七月，行政院在「振興經濟方案」中，再度宣示「增設南部科學工業園區」。民國八十四年一月負責南部科學工業園區規劃的前行政院國家科學委員會選定臺南縣新市鄉與善化鎮之間的區域為台南科學工業園區（簡稱南科）之基地，同年五月行政院正式核准進行籌設及開發。
在南科的開發過程中，最棘手的問題之一便是其地下埋存大量的古代文化遺址。為了搶救這些即將遭受毀壞的文化資產，從民國八十五年開始，南科管理局籌備處委託中央研究院歷史語言研究所臧振華博士所領導的南科考古隊，在南科及其周邊地區進行考古遺址的搶救工作，前後進行了將近15年，總計發現考古遺址58 處，搶救發掘了34 處，發掘總面積約九萬平方公尺。這個搶救考古工作，歷時之久、耗費人力之多，以及發掘面積之廣，在台灣考古學史上首屈一指，所出土的遺物與遺跡，數量之龐大、類別之繁多，亦屬空前。
南科所發現和發掘的遺址，年代範圍是在五千年到三百年前之間，涵蓋了10個考古學文化期相。各處遺址中所出土的遺物類別包括陶器、石器、骨角器、鐵器、玻璃器等文化遺物，以及動物骨骸、植物種子和木頭等生態遺物等。在遺跡方面，主要包括墓葬、建築遺跡、溝渠、水井、灰坑和糖廍殘跡等。這些材料顯示出內容的多樣性及時空的變異性，不僅為台南地區五千年以來的人類開發過程提供了豐富而具體的資料，對於整個台灣的史前史，甚而亞洲和太平洋地區的人類史，也因為提供了許多關鍵性的證據，而受到國內、外學者的重視。
目前各個遺址出土的遺物和部分起土的遺跡，都分別暫時存置在南科的三個大型儲藏庫中。過去由於經費、人力和時間都耗費在持續不斷的田野搶救工作上，而無法全面展開實驗室內考古出土遺存的整理工作，因此，南科的開發單位 ─ 科技部從民國九十五年十二月開始，持續補助南科考古隊進行搶救出土遺物的整理及分析，以將此批文物公諸社會，使之發揮學術研究和文化資產的價值。
本計畫之主要目的，係以三期共計9到10年的時間，整理分析南科遺址出土的考古材料。目前已經完成20處考古遺址出土遺物的整理分析工作。較為重要的發現有以下諸端：
1. 瞭解五千年以來，南科地區住民的文化發展及生活面貌。提供興建中的國立臺灣史前博物館南科分館之展示內容，及臺灣南部地區鄉土教學之豐富素材。
2. 發現大量五千年以來人類作為食物的稻米、小米、以及其它動植物的遺留，豐富對臺灣農業文化興起及變遷的認識與瞭解。
3. 透過對超過2000具史前人類遺骸的分析，瞭解五千年以來臺灣人類的體質特徵，及疾病與健康狀況。
4. 透過對各遺址之岩芯及地層資料之分析，瞭解南科地區由滄海到桑田的地質環境變遷。
5. 透過對所出土新石器早期考古資料的比對分析，釐清了臺灣南島民族的最早起源地。
另外，值得一提的是：
南科是國內最重要的科學園區之一，進駐的廠商超過150家，都是國內最先進的光電、半導體及生物科技業者，每年有7、8萬位科技人才在這裡努力打拼，年生產營業額已經達到將近6000多億新台幣。這樣一個科技的重鎮，十多年前卻還只是嘉南平原上的農田、水澤。當開發者意氣風發地把這裡徹底轉變成光鮮亮麗的同時，另有一批人卻是拿著小鏟，揮汗如雨地搶救將被剷除的文化遺產。這是兩個毫無交集，甚而彼此衝突的方向，一個努力地企圖超前時代、躍向尖端，另一個則是走回過往、保護歷史的足跡，但是經過協調與合作，最後卻共同譜寫出人類五千年以來在這塊土地上所孕育出的文明歷程─從陶石骨角到晶元光電。這是一個走出偏見贏得驕傲的動人故事。
